De boze Dr. Robotnik heeft vijf van de zes Chaos Emeralds gestolen en naar een andere dimensie gebracht zodat je ze niet kunt vinden! Deze vreselijke situatie zorgt ervoor dat het Zuidereiland langzaam in de oceaan verzinkt, en dat kun je niet laten gebeuren! Help onze geliefde blauwe egel Sonic en zijn grote vriend Tails de laatste en gevaarlijkste smaragd te vinden, de rode, terwijl je de andere 5 probeert te herstellen om de plannen van je aartsvijand Robotnik voor eens en altijd te dwarsbomen. Ben je klaar voor een zware strijd om de vrede terug te brengen in de wereld?