Metal Slug 3 werd op 1 juni 2000 met groot succes uitgebracht voor de Neo-Geo console. Nu kunt u de volledige versie van uw browser afspelen. Deze derde aflevering bevat nieuwe personages, evenals wapens en voertuigen. Nieuwe vijanden worden ook toegevoegd, bijvoorbeeld, je moet zombies, gigantische weekdieren en insecten, terroristen, enz. bestrijden.
De opstand onder leiding van generaal Morden voor een nieuw wereldregime behoort nu tot het verleden, en de orde en de vrede in de wereld beginnen terug te keren. Morden, opnieuw aan de macht, probeert opnieuw een staatsgreep te plegen, maar de regeringstroepen waren zo'n daad aan het plannen en anticiperen op de dreigende aanval.